En la Cumbre Social de los Pueblos de Latinoamérica en 2006, representantes de organizaciones indígenas, campesinas y de la sociedad civil, manifestaron su preocupación por la grave situación del Río Pilcomayo, que atraviesa Argentina, Paraguay y Bolivia. Señalaron que, a pesar de que las comunidades indígenas han vivido en armonía con el río, la explotación minera, la extracción de gas y petróleo, la expansión agrícola y la deforestación han acelerado su deterioro y la contaminación de sus aguas. Criticaron a los gobiernos por priorizar los intereses de grandes empresas transnacionales en lugar de proteger los derechos de las poblaciones afectadas.
Además, denunciaron la falta de información clara sobre el estado del río y cuestionaron la eficacia de planes como el Plan Maestro del Río Pilcomayo, impulsado por la Comisión Trinacional.